反滲透系統(tǒng)通常存在三大問題：懸浮物、膠體污堵，生物污堵和化學(xué)結(jié)垢。為了保證系統(tǒng)長期穩(wěn)定、有效運行，提高水的利用效率，需要向反滲透系統(tǒng)中投加化學(xué)藥劑，對原水進行適當(dāng)?shù)奶幚?，以減少反滲透膜的污堵和結(jié)垢。
1  懸浮物、膠體污堵
自然界的水中含有各類雜質(zhì)，包括懸浮物質(zhì)、溶解物質(zhì)和膠體物質(zhì)。懸浮物和膠體物質(zhì)包括淤泥、微細砂粒、鐵的腐蝕產(chǎn)物、無機和有機膠體等，當(dāng)用反滲透膜對水和溶質(zhì)進行分離時，如果原水中的懸浮物和膠體物質(zhì)在膜表面堆積使膜受到污染，則系統(tǒng)壓差增加，產(chǎn)水量降低，脫鹽率下降。
通過向原水中加入絮凝劑（和助凝劑），利用絮凝劑的吸附作用、中和作用和網(wǎng)捕作用，去除原水中的懸浮物質(zhì)和膠體物質(zhì)，使預(yù)處理后的水質(zhì)符合反滲透膜的進水要求，避免雜質(zhì)在膜表面堆積使膜污染。反滲透裝置進水對懸浮物和膠體物質(zhì)的含量用兩個指標來控制：一個是濁度，一個是SDI（污泥密度指數(shù)）。一般卷式膜組件要求進水濁度小于1NTU，最好達到0.2NTU；要求進水SDI小于5阻垢緩蝕劑。
2　生物污堵
天然水，尤其是地表水（河水、湖水）中含有大量的微生物，當(dāng)天然水作為原水進入反滲透系統(tǒng)后，把大量的微生物帶入到系統(tǒng)中。再者，反滲透系統(tǒng)水溫通常為20～40℃，特別有利于微生物的生長。生物污堵特點是開始時易在反滲透系統(tǒng)前端形成污染物，隨后擴展到整個反滲透系統(tǒng)。系統(tǒng)存在死角區(qū)，或停用時間過長都會造成細菌微生物生長繁殖，粘附在膜表面形成生物粘膜，使系統(tǒng)運行壓差升高，產(chǎn)水量下降，脫鹽率先是略有上升，然后降低。
控制微生物生長的有效方法之一是添加殺菌劑。因此，在反滲透系統(tǒng)正常運行和停運期間，都要投加殺菌劑對其進行滅菌處理，以保護膜組件和系統(tǒng)的穩(wěn)定運行。
3  化學(xué)結(jié)垢
反滲透原水中含有大量的鹽分，既有溶解于水的鉀離子、鈉離子、氯離子等，也有難溶于水的鹽類如重碳酸鹽、碳酸鹽、硫酸鹽、硅酸鹽等。原水經(jīng)過反滲透系統(tǒng)后，濃水則經(jīng)過了4倍的濃縮（以系統(tǒng)75%的回收率計算），水中離子濃度增加，致使離子過飽和而生成水垢。 化水結(jié)垢往往發(fā)生在二段，濃水中過量的溶解鹽沉淀而結(jié)垢。表現(xiàn)為原段壓降升高，脫鹽率下降，出力降低。
為了減少難溶鹽的析出，減緩無機鹽垢的形成，常常向反滲透系統(tǒng)中加入阻垢劑，利用阻垢劑的增容、螯合、分散等作用，提高CaCO3等鹽類物質(zhì)的溶解度，降低其結(jié)垢傾向，從而達到阻垢的目的。對于某些較差水質(zhì)，還考慮加酸，配合阻垢劑使用。